В целях реализации возложенных задач отдел выполняет следующие функции:

1. Осуществление приема граждан, оказание правовой помощи.
2. Принятие к производству, рассмотрение заявлений и жалоб о нарушенных прав граждан, иностранных  и лиц без гражданства.
3. Осуществление взаимодействия с государственными органами исполнительной власти по вопросам соблюдения прав граждан,  разработке мер по обеспечению прав, осуществлению контроля за их реализацией.
4. Контроль за содержанием, лиц отбывающих наказания в местах лишения и ограничения свободы.
5. Координация деятельности органов и учреждений, уголовно-исполнительной системы и мест предварительного задержания.
6. Готовит информацию Омбудсмену (Акыйкатчы) Кыргызской Республики о фактах нарушения прав и свобод человека и гражданина.
7. Анализ соблюдения прав граждан, нахожщихся в закрытых учреждениях, подготовка информационно-аналитических материалов, специальных докладов Жогорку Кенешу Кыргызской Республики о положении прав человека и гражданина.
8. Информирование должностных лиц, от имени Омбудсмена (Акыйкатчы) Кыргызской Республики о фактах нарушения прав и законных интересов граждан  с требованием их немедленного рассмотрения.
9. Осуществление полномочий Омбудсмена (Акыйкатчы) Кыргызской Республики по посещению мест содержания задержанных, мест предварительного заключения, соответствующих учреждений.
10. Осуществление присутствия на судебных заседаниях всех инстанций с соблюдением требований процессуального законодательства
11. Информирование общественности по вопросам государственной политики в области прав человека и гражданина.
12. Подготовка представлений Омбудсмена (Акыйкатчы) Кыргызской Республики в соответствующие органы о возбуждении дисциплинарного или административного производства в отношении должностных лиц нарушивших человека и гражданина.
13. Оказание правовой помощи детям гражданам и лицам находящихся в местах лишения и ограничения свободы.